《個人所得稅綜合所得匯算清繳管理辦法》（以下簡稱《辦法》）總體延續(xù)了歷年辦理個人所得稅綜合所得匯算清繳事項公告的主要內(nèi)容，共六章三十七條。主要內(nèi)容包括總則、匯算清繳準備及有關(guān)事項填報、匯算清繳辦理及服務(wù)、退（補）稅、管理措施及法律責(zé)任、附則。
《辦法》與以往每年發(fā)布的辦理個人所得稅綜合所得匯算清繳事項的公告相比，主要有以下變化：
1.法律效力與規(guī)范層級提升。以往公告為每年發(fā)布的“管一年”規(guī)范性文件，而《辦法》以部門規(guī)章形式出臺，法律效力位階更高，具有長期性和穩(wěn)定性?！掇k法》將過去實踐中成熟的臨時性措施（如預(yù)約辦理、預(yù)填服務(wù)等）以制度形式固化，為涉稅服務(wù)管理提供更堅實的法律保障。
2.權(quán)利義務(wù)關(guān)系更清晰。《辦法》明確界定了稅務(wù)機關(guān)、納稅人、扣繳義務(wù)人等各方的權(quán)利義務(wù)。例如，稅務(wù)機關(guān)需為納稅人提供申報表預(yù)填服務(wù)、異議申訴渠道及個性化便民服務(wù)，并依法為個人相關(guān)涉稅信息保密。納稅人需確認基礎(chǔ)信息的有效性，留存相關(guān)扣除憑證，并承擔(dān)未依法申報的法律責(zé)任。
3.預(yù)約辦理常態(tài)化。匯算初期提供預(yù)約服務(wù)，避免集中申報帶來的系統(tǒng)壓力。
4.管理措施更嚴格。一是法律責(zé)任更加明確。對未申報補稅、未足額補稅以及虛假或錯誤填報年度匯算收入、專項附加扣除等情形的納稅人，稅務(wù)機關(guān)可追繳稅款、加收滯納金，并在其個人所得稅納稅記錄中標注；情節(jié)嚴重的納入信用信息系統(tǒng)。二是糾錯機制更加完善。納稅人因申報信息填寫錯誤造成匯算清繳多退或少繳稅款，主動改正或經(jīng)稅務(wù)機關(guān)提醒后及時改正的，適用“首違不罰”原則，但拒不更正或補充資料的將影響退稅和信用記錄。
5.細化適用范圍與例外情形。一是明確無需辦理年度匯算的四種情形。二是規(guī)定境外所得納稅年度的認定規(guī)則，避免重復(fù)申報或遺漏。